首先，PFA和PTFE的合成过程不同。PTFE是通过聚合四氟乙烯单体得到的，而PFA是在PTFE的基础上进一步氟化的产物，即在PTFE中引入了全氟烷氧基（-O-CF2-）结构，使得其具有更好的热稳定性和溶解性。
其次，两者的加工性能有差异。PTFE的熔点较高，接近327℃，且其熔融粘度极高，几乎不流动，这给加工带来了很大困难，通常需要采用冷压烧结的方式成型。而PFA的熔点略低（约268℃），并且在高温下有一定的可塑性，可以进行注塑、挤出等热塑性加工，因此在加工性能上优于PTFE。
再者，PFA的透明度和电性能优于PTFE。由于其分子结构的不同，PFA的透明度较好，适合制作光学部件。同时，PFA的介电常数和介质损耗角正切值比PTFE小，更适合在高频电路中使用。
最后，两者的耐化学性虽然都很强，但PFA对某些化学品的耐受性更强，如醇类、酮类等，这使得PFA在化学工业中的应用更为广泛。
总的来说，PFA在加工性能、透明度、电性能和耐化学品性等方面相比PTFE有所提升，但在价格上也会相应更高。选择使用哪种材料，主要取决于具体的应用需求和条件。
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