PFA和PTFE在化学结构和物理性质上都有显著差异。
PFA是半晶体的，含有结晶性和非结晶性区域。PFA具有出色的热稳定性，可以在高温下使用，最高使用温度可以达到260℃。PFA还具有优良的化学稳定性，能够抵御酸、碱等腐蚀性介质的侵蚀。PFA的耐磨性也非常出色，可以用于高磨损的应用场合。
PTFE是一种高分子聚合物，具有非常好的热稳定性，可以在高温下使用，最高使用温度可以达到260℃。PTFE还有优良的低摩擦性能和无粘性能。PTFE还具有优异的耐腐蚀性能，能够抵御酸、碱等腐蚀性介质的侵蚀，但在氢氟酸等介质中容易发生腐蚀。
与PFA相比，PTFE更加具有低摩擦、无粘性和良好的绝缘性能，因此常用于制作高精度的密封件、轴承、垫片等。而PFA则更适用于制作高温、高耐磨的化工设备，如管道、阀门、泵等。
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