PFA和MFA即使在高温下也具有极佳的化学惰性。它们能够抵御强的矿物酸、无机碱、无机氧化剂和大多数有机化合物。但是，它们会同氟气或熔融态的强碱发生反应。
同PTFE和FEP一样，PFA和MFA能用金属钠以及其他碱金属处理从表面除去一部分氟原子，其实际应用就是改善氟树脂表面的润滑性和同其他基材黏结的性能。
全氟碳聚合物通常对水和溶剂的吸收都是很低的。这种吸收同渗透密切相关，也同温度、压力和结晶度有关。因为PFA和MFA都是熔融加工的，同FEP一样与PTFE不同，制品没有空隙，具有比PTFE更低的渗透率，透过PFA的渗透仅由于分子扩散造成。
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