，虽然PEEK本身被认为是生物相容性，但并非完全无害。一直植入体内也许会引发局部炎症反应或免疫系统异常激活。这是因为就算是经过筛选聚合物，于生产过程中也也许会残留微量单体或其他添加剂，这些物质有也许渗出并引起过敏或毒性效应。
当PEEK部件因磨损而引发微小颗粒时，这些颗粒也许积聚于组织中，导致慢性炎症甚至影响周围器官功能。这种状况尤其要注意，因为于骨科手术中使用PEEK制成人工关节或脊柱固定装置，随着时间推移都不可避免会有一定程度表面磨损。
另外，对于从事PEEK加工行业工人来说，如果防护措施不到位，则存于吸入PEEK粉尘风险。这类粉尘也许刺激呼吸道，严重时可造成肺部损伤。因此，于进行相关作业时必须佩戴适当个人防护装备，并确保工作环境通风优良。
尽管PEEK作为一种领先医用材料有着诸多优势，但仍需谨慎对待其潜于安全隐患。无论是作为患者还是从业人员，知道这些风险因素对于保障自身健康至关很大。和此同时，生产商应连续优化生产工艺，减少有害物质残留，并加强对最终产品质量控制，以最大限度降低任何也许存于健康威胁。
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